Först lite om gener Man talar om olika typer av gener, gener som beter sig lite olika. Dominanta gener visar sig alltid i hundens utseende. Har hunden en dominant gen får den den egenskap som genen ger. Sobelfärgen är dominant över trefärgat, så har en hund en gen för sobelfärg från endera föräldern, så blir den sobelfärgad, även om den ärvt ner en gen för trefärgat från den andra föräldern. Merlegenen är på samma sätt dominant om den finns i individens genuppsättning, den visar sig så att den bleker ner den ordinarie färgen men om en sobelfärgad hund har genen så bleks sobelfärgen ibland mycket lite, så lite att det inte alltid syns på den vuxna sobelmerlade hunden att den har merlegenen. Om hunden är trefärgad och har merlegenen blir den däremot alltid blå. Recessiva gener fungerar så att individen måste ha samma gen från både mamma och pappa för att genen ska visa sig i hundens utseende. Trefärgat är recessivt mot sobel så för att en collie ska bli trefärgad måste den ha ärvt detta anlag från båda sina föräldrar. Den har då två gener för trefärgat i sin genuppsättning. Recessiva gener som man inte ser på hunden att den har, kan ärvas ner förstås. Därför kan avkomman få en färg som varken mamma eller pappa har, som fallet blir om båda föräldrarna är heterozygota soblar, alltså båda är sobelfärgade men har varsitt dolt anlag för trefärgat. Då blir somliga valpar trefärgade, nämligen de som har ärvt ner anlaget för trefärgat från båda sina föräldrar (se färgschemat nedan). Sedan finns det förstås gener som är ofullständigt dominanta, och sådana som är polygena. Den ofullständigt dominanta genen manifesterar sig alltid, i lägre eller högre grad, som fallet är med vita faktorn (se nedan). I fallet med polygen nedärvning har vi att göra med många gener som tillsammans ger en egenskap, i lägre eller högre grad, som fallet är med HD exempelvis. Om ägget (zygoten) har dubbel uppsättning av samma gen, alltså har fått en gen för samma egenskap från båda föräldrarna, säger man att hunden är homozygot för denna egenskap (homo = samma/lika). Om den däremot har olika anlag för samma egenskap från mamma och pappa, exempelvis ett sobelanlag från mamma och anlag för trefärgat från pappa, säger man att hunden är heterozygot för egenskapen färg (hetero = olika). Här tas bara upp de gener som bestämmer grundfärgen på collien. Det finns fler gener inblandade i colliens färger dock, gener som bestämmer intensiteten i sobelfärgen exempelvis, rödare eller mer halmfärgad, gener för bläs eller inte, gener som bestämmer hur de vita tecknen sträcker ut sig, smalare krage, bredare sådan, gener som bestämmer hur mörk ansiktsmasken blir på en sobel m.m.